黃佐博通經籍，學術上尊陳獻章之學說，而與王守仁則數相辯難。其所持理氣一體說，認為“理即氣也，氣之有條不可離者謂之理，理之全體不可離者謂之道。蓋通天地、亙今古，無非一氣而已。”在明代學壇獨樹一幟。

其經類著述有《詩經通解》21卷、《禮典》40卷、《樂典》36卷、《鄉禮》7卷、《續春秋明經》12卷、《小學古訓》1卷、《姆訓》1卷。黃佐又是一代之詩宗，著有詩文集《兩都賦》2卷，《泰泉集》60卷。其詩任氣而行，雄直恣肆，不傍門戶，被后人尊為“吾粵之昌黎”。朱彝尊謂“嶺南詩派，文裕(黃佐謚號)實為領袖，功不可泯。” 黃佐在地方文獻方面貢獻尤為卓著。正德年間撰成《廣州人物傳》24卷，分門別類記載廣東歷代先賢近二百人。嘉靖六年(1527年)纂成《廣州市府志》，共70卷50余萬字。此書有作有述，記秦至元史事，皆采錄史書；明洪武至嘉靖史事，則據所見所聞。嘉靖三十七年主纂《廣東通志》，歷時三載，成書70卷。此書體例嚴謹，文字簡雅，資料充實。還有《羅浮山志》、《志雍志》24卷、《廣西通志》60卷、《香山縣志》8卷。此外，尚有史類著述《通歷》36卷、《革除遺事》6卷、《翰林記》20卷等。

嘉靖四十五年病逝，詔贈禮部左侍郎，謚文裕。

黃佐聰慧好學，幼承家風，3歲即受讀《孝經》，8歲鉆研詩、詞以及天文、歷算之書。明正德五年(1510年)中解元，嘉靖元年(1522年)中進士，選庶吉士，授翰林院編修。在“大禮議”之爭，黃佐主張依禮追嘉靖帝生父為皇叔，因而被外放任江西僉事。旋改任廣西督學，任內倡修鄉村社學，拆除淫祠，編印《理學本源》頒行所轄郡邑。后因母病致仕。居家9年后被重新起用，為翰林院編修兼左春坊左司諫。不久進職侍讀，掌南京翰林院，召為右諭德，擢南京國子監祭酒。丁母憂后又任少詹事，與首輔夏言議河套事，意見相左。其時，吏部右侍郎職位空缺，欲謀此位者互相詆毀，使龍顏大怒。黃佐雖未參與其事，卻因是被薦舉的候選人而受牽連罷官。淡泊功名的黃佐自此絕意仕途。

歸居廣州后，黃佐改白云山景泰寺為泰泉書院，廣收弟子。弟子中不乏俊賢之才，明代嶺南詩壇著名的“南園后五先生”中，歐大任、梁有譽、黎民表三人即出其門下。講學之余，黃佐潛心著述，在經學、地方文獻、詩詞等方面均有較大建樹。黃佐博通經籍，學術上尊陳獻章之學說，而與王守仁則數相辯難，其所持理氣一體說，認為“理即氣也，氣之有條不可離者謂之理，理之全體不可離者謂之道。蓋通天地、亙今古，無非一氣而已”，在明代學壇獨樹一幟。